Наряду с постоянными экспозициями, в музее регулярно проходят временные выставочные проекты. Среди представленных здесь в последние годы мастеров — Айвазовский, Шишкин, Левитан, Пикассо, Кустодиев, Дюрер, Фальк, Фаберже, Шагал и многие другие.
В 2014 году музей, находившийся в стенах Ново-Иерусалимского монастыря, переехал в новое, трехэтажное здание, расположенное на участке площадью 4,28 га и построенное на противоположном берегу Истры. Это создало большие возможности для масштабной выставочной деятельности. Музей был переименован в Музейно-выставочный комплекс Московской области «Новый Иерусалим», а в январе 2021 года он получил другое название — Государственный историко-художественный музей «Новый Иерусалим».
С декабря 2017 года в музее открыта постоянная экспозиция «Новый Иерусалим—памятник истории и культуры XVII–XX веков» , которая развернулась на площади 1500 кв. м. и рассказывает о том, как задумывался и складывался образ Святых мест в Подмосковье, о роли Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря как памятника русского зодчества, русской истории и культуры, о личности патриарха Никона.
В конце 2018 года в музее «Новый Иерусалим» открылась постоянная экспозиция «Русское искусство. Церковное и светское искусство XVI — начала XX века» в обновленном формате. В основном ее разделе собраны предметы живописи, иконописи, скульптуры, мебели и декоративно-прикладного искусства из коллекции музея, большая часть которых поступила в собрание музея в после революционный период.
Безусловный приоритет в экспозиции отдан живописи — наиболее важному жанру в формировании национального самосознания в XVIII–XIX веках. Раздел пейзажной живописи включает произведения А. К. Саврасова, И. К. Айвазовского, М. Н. Воробьева и других знаковых авторов жанра. Отдельного внимания заслуживает богатое собрание портретов — традиционно широко экспонируемая часть музейной коллекции. Среди всех живописных жанров в XVIII — первой половине XIX века именно портрет отразил своеобразие русского искусства данного периода, связанного с идеалами Просвещения. Архитектура экспозиционного пространства дает возможность проследить основные этапы развития русского портрета и оценить произведения именитых мастеров, таких как Ф. С. Рокотов, В. Л. Боровиковский, Н. И. Аргунов, В. А. Тропинин, а также работы неизвестных живописцев, творчество которых составляет основу художественного феномена усадебной русской культуры. Помимо светского искусства в обновленной Художественной галерее широко представлены различные по времени и месту создания иконы. Задача этого тематического блока — рассказать об иконах разного назначения, об эволюции иконописи как искусства от Средневековья до Нового времени.
27 марта 2019 года в музее «Новый Иерусалим» открылся самостоятельный подраздел постоянной экспозиции русского церковного и светского искусства «Особая кладовая» . Он объединяет настоящие реликвии из фондов музея — предметы декоративно-прикладного искусства из драгоценных металлов XVI–XX веков: памятники русского лицевого и орнаментального шитья XVI–XVII веков, предметы церковного обихода работы мастеров Серебряной и Золотой палат Московского Кремля XVII века, произведения русских мастеров эмали и светского бытового серебра.
Важным направлением деятельности Государственного историко-художественного музея «Новый Иерусалим» является налаживание взаимодействия с ведущими музеями России и других стран по подготовке совместных выставочных проектов. Музей «Новый Иерусалим» уже имеет опыт сотрудничества с Государственным музеем изобразительных искусств им. А. С. Пушкина, Государственным Русским музеем, Государственным Эрмитажем, Государственным музейно-выставочным центром РОСИЗО и другими музеями.
Наряду с ведущими европейскими площадками, Государственный историко-художественный музей «Новый Иерусалим» позволяет знакомиться с экспозициями в новом digital-пространстве, которые создаются на основе современных мультимедийных технологий и предоставляют посетителям широкие мультимедийные возможности: видеоинсталляции, интерактивные столы и киоски с тематическим контентом, голографические витрины и технологии дополненной реальности.