Коллекция археологии является самой крупной в собрании Музейно-выставочного комплекса Московской области «Новый Иерусалим». В ней представлены практически все исторические эпохи – от каменного века до развитого средневековья.

Коллекция начала формироваться уже в первые годы существования музея, т.е. в начале 1920-х гг.: при историко-культурном отделе музея был создан археологический подотдел, проводивший полевые исследования. В 1930-х гг. большое количество материалов поступило из Государственной академии истории материальной культуры и музея Центральной промышленной области.

В период оккупации, когда был разрушен ансамбль монастыря, остававшиеся здесь археологические материалы значительно пострадали. От довоенной коллекции осталась небольшая часть – около 10 тысяч предметов, многие из которых и сейчас представляют научный интерес.

В конце 1960-х гг. в музее начал действовать археологический отряд. Большая часть ныне существующей коллекции археологии – результат полевых исследований этого отряда. Крупномасштабные исследования велись в районе Тростенского озера, где был открыт и изучен целый комплекс археологических памятников. В коллекцию поступили материалы со стоянок Никольская I,II, Тростенского городища и др. Многочисленные находки пополнили коллекцию в результате раскопок стоянок на Масловом болоте (Ногинский район), в т.ч. стоянки Маслово болото IV – одного из лучших в Подмосковье памятников финального неолита (около 5 тыс. находок).

Сегодня коллекция продолжает комплектоваться разноплановыми материалами, полученными в результате изучения археологических памятников Подмосковья и других областей Центральной России. Среди последних поступлений – находки из раскопок селищ Савельево и Радонеж 1 (Московская область), поселения Дмитриевская слобода (г. Муром, Владимирская обл.).